ในช่วงเวลานี้ สีหนุเป็นนายกรัฐมนตรีของกัมพูชาหลังจากได้รับเอกราช และได้เชิญกลุ่มฝ่ายซ้ายรวมทั้งฮู ยวนเข้าร่วมกับพรรคสังคมและรัฐบาลของพระองค์ เพื่อถ่วงดุลกับฝ่ายขวา ยวนได้เป็นรัฐมนตรีหลายตำแหน่งระหว่าง พ.ศ. 2501 – 2506 เขาถูกบีบให้ลาออกหลังจากพ่ายแพ้ในการลงมติไม่ไว้วางใจในสภาแห่งชาติ เขาเองไม่ได้ดำเนินนโยบายตามความต้องการของพระนโรดม สีหนุอย่างใกล้ชิด[4] อย่างไรก็ตาม เขามีความขัดแย้งกับพระองค์อย่างเปิดเผยหลายเรื่อง

ใน พ.ศ. 2507 ยวนได้ตีพิมพ์หนังสือเรื่อง The Co-Operative Question ซึ่งแสดงความแตกต่างระหว่างระบอบสังคมนิยมกับระบอบของพระนโรดม สีหนุ โดยมีคำถามเชิงลึกว่าสหกรณ์จะช่วยชาวนาที่ยากจนและลดแรงกดดันของสังคมเมืองต่อชนบทอย่างไร ซึ่งต่อมา เขมรแดงได้นำไปปรับใช้

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาแห่งชาติ พ.ศ. 2509 พระนโรดม สีหนุได้ขัดขวางเขาโดยส่งผู้สมัครคนอื่นลงในตำบลที่เขาจะสมัคร ทำให้ฝ่ายซ้ายของพรรคสังคมต้องแข่งขันกับผู้สมัครคนอื่น ฮู ยวน ฮู นิม และเขียว สัมพันเลือกที่จะสู้ต่อไป ทำให้พระนโรดม สีหนุเลือกที่จะต่อต้านพวกเขามากขึ้น ผลการเลือกตั้ง ปรากฏว่ายวนชนะการเลือกตั้งด้วยคะแนน 78% หลังจากนั้น พระนโรดม สีหนุแต่งตั้งให้เขาเป็นฝ่ายต่อต้านรัฐบาลเพื่อถ่วงดุลกับคณะรัฐมนตรีฝ่ายขวาของ ลน นล อย่างไรก็ตาม หลังการลุกฮือที่สำลวต พ.ศ. 2510 ยวนถูกกล่าวหาว่าอยู่เบื้องหลังการลุกฮือครั้งนี้ ทำให้เขาหนีเข้าป่าไปร่วมมือกับพรรคคอมมิวนิสต์ที่นำโดย พล พต เอียง ซารี และซอน เซน